实践证明，微生物菌剂特定的肥料效应不仅为农作物提供营养元素，其有效菌还能分泌赤霉素、细胞分裂素、生长素等活性物质，调节、促进作物的生长发育，有利于农作物增产。
微生物菌剂主要作用：
1、提高土壤肥力：有些菌剂可以增加土壤中氮磷钾营养元素的含量；还可以提高一些土壤酶类活性，有利于土壤中养分的转化方便植物的吸收利用。另外，在微生物菌剂的帮助下会产生大量的二氧化碳，可提高土壤保水、保肥能力。
2、促进难溶的矿质营养释放：生物微生物菌剂使土壤酶活性提高，使不溶性土壤养分溶解利于植物吸收。同时，还分泌一些有机酸性物质，能分解有机质，产生的糖有利于固氮细菌的生长。
3、帮助农作物吸收养分：如根瘤菌可豆科植物的根部形成根瘤，使土壤中的氮转化为作物能吸收的氮肥。
4、增强植物的抗逆能力：有些生物微生物菌剂施用后，在土壤中大量生长繁殖，聚集在作物根部形成优势菌群，在其自身生长过程的同时，改善周围的环境，提高植物体的抗逆性。
微生物的功能多样性决议了其在土壤和农业中的不行替代作用。
土壤板结
1、微生物在土壤中物质、能量的输入输出中扮演着非常重要的人物，能够活化土壤有机与无机营养，分化有机物，开释营养，添加营养的有用性；
2、微生物经过代谢过程中氧气和二氧化碳的交流以及排泄的有机酸等酸性物质，促进土壤中微量元素的开释及螯合，有效打破土壤板结，促进团粒结构的构成，并能改进土壤的通气情况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成；
3、微生物在其繁衍和代谢过程中，能够降解土壤中残留的化肥、有机农药、重金属和其他污染物等，下降土壤污染的程度。
土传病害问题
而微生物菌剂隶属于生物肥料这个大类，对土壤各种问题的处理具有奇效。微生物菌剂的运用大大削减了化肥的用量及削减污染，并且经过微生物之间或与植物之间的相互作用，植物的抗病与抗逆能力大大增强，这关于进步农作物质量及产值有着重要意义。
微生物菌剂在削减农药运用量、维护土地肥力、改进土壤结构等方面作用尤其明显，从根本上处理了土地问题！
